Ο Ναός του Αγίου Φραγκίσκου ήταν ο κύριος ναός του μοναστηριού Φραγκισκανών κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας. Στο Ναό του Αγίου Φραγκίσκου φιλοξενείται το Αρχαιολογικό Μουσείο του Ρεθύμνου, όπου παρουσιάζονται τα ευρήματα από τη Νεολιθική και Ρωμαϊκή περίοδο (νομίσματα, κοσμήματα, εργαλεία), καθώς και μια συλλογή κεραμικών από την Μινωική περίοδο.